In agricoltura biologica non si utilizzano sostanze chimiche di sintesi (concimi, diserbanti, anticrittogamici, insetticidi, pesticidi in genere), nè Organismi Geneticamente Modificati (OGM).

Alla difesa delle colture si provvede innanzitutto in via preventiva, selezionando specie resistenti alle malattie e intervenendo con tecniche di coltivazione appropriate come, per esempio:

• la rotazione delle colture, si evita di coltivare per più stagioni consecutive sullo stesso terreno la stessa pianta. In questo modo, da un lato si impedisce ai parassiti di trovare l'ambiente favorevole al loro proliferare, e dall'altro si utilizzano in modo più razionale e meno intensivo le sostanze nutrienti del terreno;
• la piantumazione di siepi ed alberi, che ricreano il paesaggio, danno ospitalità ai predatori naturali dei parassiti e fungono da barriera fisica a possibili inquinamenti esterni;
• la consociazione, che consiste nel coltivare contemporaneamente piante diverse, l'una sgradita ai parassiti dell'altra.

In agricoltura biologica si usano fertilizzanti naturali come il letame ed altre sostanze organiche compostate (sfalci, ecc.) e sovesci, ossia si incorporano nel terreno piante appositamente seminate, come trifoglio o senape.

In caso di necessità, per la difesa delle colture si interviene con sostanze naturali vegetali, animali o minerali: estratti di piante, insetti utili che predano i parassiti, farina di roccia o minerali naturali per correggere struttura e caratteristiche chimiche del terreno e per difendere le coltivazioni dalle crittogame.

Qualora fosse necessario intervenire per la difesa delle coltivazioni da parassiti e altre avversità, l’agricoltore può fare ricorso esclusivamente alle sostanze di origine naturale espressamente autorizzate e dettagliate dal Regolamento europeo
(con il criterio della cosiddetta “lista positiva”).